仮登録が必要な新規認定申請・変更認定申請で、添付書類の公的書類発行日の3ヶ月以内の期限に関しては、本登録後の申請での初回申請日を起算とするのでしょうか。

その通りです。
本登録後の新規認定申請・変更認定申請の初回申請日を起算とします。
公的書類の使用期限の詳細は「変更内容ごとの変更手続の整理表」(添付書類等について)をご確認ください。